Сюжет оперы рассказывает о трагической судьбе русского графа Николая Резанова, который в 1806 году отправился с торговой экспедицией к берегам Калифорнии на парусных кораблях «Юнона» и «Авось». Невыносимая удушающая атмосфера российской действительности, в которой беспощадно искоренялась всякая свободная мысль, толкают его к поиску новых земель, где, возможно, удастся создать новую свободную страну. Вполне понимая утопичность своих мечтаний, граф все же надеется на знаменитое русское «авось» и вновь и вновь подает прошения царю, чтобы добиться разрешения отправиться в путь.
Бесконечные отказы приводят его в отчаяние, и он обращает свои страстные молитвы Богоматери, страшась признаться самому себе в том, что ее образ вызывает в нем не только священный трепет. Она для него — прежде всего прекрасная женщина, влечение к которой становится наваждением. В тот момент, когда Резанов, всецело охваченный страстным чувством, обращает Богоматери свои мольбы, он слышит благословляющий его голос откуда-то сверху. Вскоре после этого необъяснимого явления он получает долгожданное разрешение, которое возлагает на него государственную миссию.
Преодолев Тихий океан, Резанов оказывается в Калифорнии, где получает от губернатора Сан-Франциско Хосэ дарио Аргуэльо приглашение на бал. Там он знакомится с дочерью губернатора, шестнадцатилетней Кончитой, у которой уже был жених по имени Федерико. Девушка, в которой граф увидел земное воплощение прекрасного образа Богородицы, поразила его воображение с первого взгляда. Не в силах совладать со своими чувствами, Резанов ночью проникает в спальню девушки, где признается ей в своей любви. Столь отчаянный поступок рождает ответное чувство в душе Кончиты. И во время этой сцены вновь откуда-то с высоты доносится печальный неземной голос, рождающий горечь и раскаяние в душе Резанова.
С этого момента удача отворачивается от него. Вызванный его безумным поступком скандал заставляет участников экспедиции покинуть город. В письме, адресованном Румянцеву, Резанов пишет о том, что разочарован в своих мечтах о создании русских колоний и хочет одного — вернуться на родину. После тайной помолвки с Кончитой, он отправляется в путь, однако, заболев горячкой, неожиданно умирает. Его невеста продолжает ждать его более тридцати лет, оставаясь верной своему чувству. Так и не дождавшись его возвращения, Кончита уходит в монастырь, где остается до самой смерти.
Несмотря на трагическую развязку, звучащий в финале оперы «Юнона и Авось» гимн «Аллилуйя любви» убеждает зрителей в безграничной силе этого светлого чувства.